Il Museo degli affreschi ‘Giovanni Battista Cavalcaselle’ sorge sull’area di un complesso conventuale le cui origini risalgono al XIII secolo. La primitiva chiesa di San Francesco al Corso fu eretta infatti nel 1230, e insieme all’annesso convento ospitava una comunità di francescani conventuali. Quando i frati si trasferirono nella più prestigiosa sede di San Fermo maggiore, nel 1257, qui subentrarono le religiose del monastero di Santa Maria di Zevio. Nel 1366 le poche monache rimaste accolsero la regola benedettina, ma nel 1447 il convento ormai in abbandono venne soppresso e unito a quello di Santo Spirito.
Occorre attendere un secolo prima che rifiorisca tra queste mura una vita comunitaria. Nel 1548 il complesso fu destinato ad ospitare le convertite e le zitelle che il vicino monastero della Santissima Trinità non poteva più accogliere. Queste donne (ex prostitute, malmaritate, mogli abbandonate, ragazze senza dote) furono perciò chiamate Franceschine. Nel 1624 un fulmine colpì la polveriera nella vicina Torre della Paglia, lungo le antiche mura comunali. La terribile esplosione che ne seguì distrusse o danneggiò gravemente molti edifici circostanti; la chiesa e una parte del convento di San Francesco furono ricostruiti dalle fondamenta nelle forme che ancor oggi conservano.
Questa storia secolare si interrompe all’inizio dell’Ottocento, quando, in seguito ai decreti napoleonici del Regno d’Italia, molti monasteri vennero soppressi e incamerati dal demanio. Anche il complesso delle Franceschine condivise questa sorte e fu destinato in parte ad usi militari, in parte ad accogliere istituzioni assistenziali. Il successivo abbandono e i danni causati dai bombardamenti della seconda guerra mondiale ne misero in pericolo la stessa sopravvivenza. Fortunatamente negli anni sessanta una maggiore consapevolezza nella tutela del patrimonio culturale portò al restauro della chiesa e del convento e alla decisione di destinarli a sede museale. Nel 1973 vi venne inaugurato un museo intitolato a Giovanni Battista Cavalcaselle.